Християнска църква “СИОН” се управлява от следните органи:

1. Главен Пастор
2. Национален пасторски съвет
3. Духовен съвет
4. Църковно настоятелство

Главният Пастор представлява Християнска църква “СИОН” пред всички физически и юридически лица в страната и чужбина. Определя насоките и стратегията за развитието на Християнска църква “СИОН”, организира и ръководи пряко или косвено всички нейни дейности. Грижи се за духовния живот и добрите взаимоотношения между членовете на църквата.

Националният пасторски съвет (НПС) се състои се от Главния Пастор и най-малко двама членове-пастори на местни поделения. Членовете на НПС се избират и освобождават от Главния Пастор.
НПС решава текущи въпроси на Християнска църква “СИОН” и нейните местни поделения, съветва Главния Пастор, разглежда молби и сигнали на действащи и новосформирани църкви. Открива и закрива местни поделения, избира и освобождава техните пастори.

Духовният съвет (ДС) се състои от Главния Пастор и най-малко още двама членове, които се избират и освобождават от Главния Пастор.
ДС контролира и ръководи дейността на Главната църква, решава текущи въпроси и съветва Главния Пастор, разпорежда се с недвижимото имущество, избира и освобождава членове на Църковното настоятелство.

Църковното настоятелство (ЦН) се състои от Главен Пастор, Национален пасторски съвет, Духовен съвет и други членове, избрани от Духовния съвет за неопределен период от време и се освобождават от него.
Църковното Настоятелство изменя и допълва устава на Християнска църква “СИОН”, определя платените длъжности и размера на възнаграждението им в зависимост от средствата на църквата. Освобождава, избира и назначава нов Главен Пастор при необходимост. Избира председател и членове на Контролно-ревизионна комисия, която контролира финансовата дейност на църквата.

Местните поделения на Християнска църква “СИОН” се управляват от Пастор и Духовен съвет.